Sull'origine del nome di Sìnnai continuano ad essere comunemente proposte due diverse ipotesi.
La prima è riferita ad una presunta somiglianza delle montagne del Serpeddì con il Monte Sinai della Palestina, che avrebbe indotto gli ebrei deportati da Tiberio in Sardegna (di cui riferiscono gli storici Giuseppe Flavio e Tacito), stabilitisi in oltre quattromila nella zona tra gli attuali centri di Sìnnai e Maracalagonis, a battezzare con il nome della loro montagna sacra il luogo di deportazione.
A sostegno della suggestiva teoria si cita la diffusione di molti nomi di origine ebraica, la cui presenza in tutta la Sardegna è invece dovuta alla fuga dalla Spagna, dopo l'unificazione sotto Ferdinando il Cattolico dei regni d'Aragona e di Castiglia, di importanti famiglie ebraiche per sottrarsi alle difficili condizioni create dall'inquisizione contro "Moriscos" e "Marranos".
La stessa somiglianza dei rilievi montani, sardo e palestinese, assunta come elemento fondamentale della teoria, appare poco convincente in quanto non può riguardare la montagna del Serpeddì, ai cui piedi sorge Sìnnai.
La straordinaria analogia geologica e geomorfologica si ritrova invece con il massiccio di granito rosso vinaccia di Mont'e Xena o Genna (Monte Genis in italiano) (in cui si conservano toponimi come "Matt'e Abramu", "Bruncu Adamu" e "Bruncu Salamu"), al confine attuale del territorio comunale però troppo distante dal luogo abitato per consentire di ipotizzare antiche connessioni di toponimi. I resti dell'insediamento umano, nell'altopiano alle falde meridionali del massiccio granitico del Monte Gennas, in una zona nota come "Cea Romana", ricadono, ora, nel Comune di Villasalto.
Ancor meno verosimile appare la seconda ipotesi che indica la derivazione del nome di Sìnnai da una destinazione della località alla marchiatura del bestiame brado proveniente da tutto il territorio montano ed avviato al mercato di Cagliari (dal verbo "sinnài", segnare). Chi ha avuto una qualche esperienza diretta con il mondo pastorale sa che non può essere mai esistita l'usanza di riunire le greggi o le mandrie di diversa provenienza, in luogo lontano dagli allevamenti, per effettuare le operazioni di marchiatura nell'imminenza, per giunta, dell'avvio del bestiame alla commercializzazione.
La marchiatura richiedeva invece la separazione degli animali di diversa proprietà e, all'interno dello stesso armento, la separazione delle nuove leve dai capi più anziani, con operazioni che potevano svolgersi solo nelle zone di allevamento.
Recinti di cattura si ritrovano ancora, è vero, sparsi in tutto il territorio di Sìnnai, anche in quello prossimo al centro urbano (un importante ed estesissimo sistema di corti chiuse con muri di pietra a secco, conservatosi grazie alla millenaria riutilizzazione, con modalità costanti, come recinti di cattura, ci consegna oggi, quasi intatta, una vasta necropoli che sembra richiamare altri noti monumenti del tardo neolitico sardo), ma la finalità della cattura era altra o, comunque, non necessariamente ed unicamente quella della segnatura del bestiame.
Il più antico documento che riporta il nome di Sìnnai è la carta sarda dell'abbazia di San Vittore di Marsiglia, scritta in caratteri greci: il documento medievale, datato al 1088, indica che già un millennio fa S'innah si scriveva e si pronunciava esattamente come adesso, con la doppia enne e con l'accento sulla prima "ì".
Probabilmente perché meno suggestivo degli altri, è stato, invece, dimenticato il suggerimento dell'archeologo Canonico Giovanni Spano, che nel suo "Vocabolario Sardo Geografico, Patronimico ed Etimologico pubblicato nel 1873 a Cagliari, ipotizzava: "L'etimologia di Sinnai è da ricercarsi nella voce SCIN comune ai siti in vicinanza a dirupi e a ciglioni in pietra" ... "Può anche essere dal fenicio SINA (rovo, arbusto), luogo di sterpi, terreno accidentato, come fu appellato per questo motivo il celebre monte SINAI della Palestina".
La forte persistenza dei toponimi prelatini nella zona (si pensi al nome di Mara - palude salmastra, o a quello della stessa Cagliari - Karalis) ed una passeggiata nell'immediata